Был учреждён указом президента России Б. Н. Ельцина 7 июня 1999 года. Праздник впервые стал отмечаться во время празднования 275-летия Российской академии наук в 1999 году. Этот праздник приурочен к дате основания Российской академии наук и Академического университета (ныне — Санкт-Петербургский государственный университет), учреждённых по повелению императора Петра I указом правительствующего сената от 28 января (8 февраля по новому стилю) 1724 года. В Дня российской науки в школе прошла акция «Дети в науке»